原理：臭氧消毒的原理可以认为是一种氧化反应
（1）臭氧对细菌灭活的机理：
臭氧对细菌的灭活反应总是进行的很迅速。与其它杀菌剂不同的是：臭氧能与细菌细胞壁脂类双键反应, 穿入菌体内部，作用于蛋白和脂多糖，改变细胞的通透性，从而导致细菌死亡。臭氧还作用于细胞内的核物质，如核酸中的嘌呤和嘧啶破坏DNA。
（2）臭氧对病毒的灭活机理：
臭氧对病毒的作用首先是病毒的衣体壳蛋白的四条多肽链，并使RNA受到损伤，特别是形成它的蛋白质。噬菌体被臭氧氧化后，电镜观察可见其表皮被破碎成许多碎片，从中释放出许多核糖核酸，干扰其吸附到寄存体上。臭氧杀菌的彻底性是不容怀疑的。
特性： 臭氧又名活性氧，是氧气的同素异构体，易溶于水。在水中即刻发生还原反应，产生中间物质单原子氧和羟基单原子氧氧化能力极强，羟基也是强氧化剂、催化剂。因此，臭氧具有较强的消毒效果，并可以分解一般氧化剂难以破坏的有机物单原子氧和羟基。 消毒作用的机理为，臭氧可以分解细菌的细胞壁，扩散进人细胞内，氧化破坏细胞室内的酶而杀死病菌。还能氧化分解细菌，氧化并穿透其细胞壁，破坏其细胞器和核糖核酸，分解蛋白质、脂质类和多糖等大分子聚合物，使细菌、病毒新陈代谢和繁殖过程遭到破坏。还可作用于脂蛋白和脂多糖，改变细胞的通透性，从而导致细胞溶解。臭氧杀菌消毒、分解水中有机质及无机物的能力比常用的氯高出几百倍。而且由于臭氧不稳定，反应过后易生成氧和水，不会造成二次污染
臭氧发生器产生的臭氧是一种很强的氧化剂，它的强氧化性、消毒性极其其他一些性质不但广泛用于污及工业氧化等方面，而且在水产养殖业上防止水产养殖系统内的疾病及赤潮解毒、改善水质、水消毒等领域也得到了很好的应用。通过臭氧消毒设备的杀菌装置可对生物卵消毒、养殖水杀菌、设施消毒，可以防止病原体的侵入。臭氧具有强烈的杀菌消毒和水质净化作用，而且无毒无害，是水产养殖和育苗生产中最理想的杀菌净化剂，对防治鱼、虾、臭氧发生器厂海胆、河蟹、甲鱼等生物病害，改善水产养殖的生态环境，有着重要的意义。
水产养殖中使用臭氧消毒设备育苗，成套的臭氧发生器价格并不高，一次性投资也不大，而且可节约各种消毒剂，抗菌素，还可以减少换水量，节约燃料煤，应用臭氧育苗，其成活率至少可提高一倍以上而且一套臭氧发生器可使用数年，从而既可大大节省养殖成本，又可培育出绿色环保食品，从各个方面讲是比较经济的。目前日本及欧美等大部分国家已广泛采用臭氧进行养殖，并禁止采用氯化物等化学消毒剂进行养殖而造成含氯素过高的产品进入其市场，各大报刊时有报道。
臭氧发生器在水产养殖业上应用的具体工艺要求：
1.海水养殖中臭氧杀菌饲育用水的处理模式：(臭氧投加量：每立方水投加 1～3 克)，先以 0.1～0.5mg/L 浓度处理 5～10 分钟，再经活性炭槽到臭氧浓度 0.003mg/L 以下方可用作饲育水。
2.淡水养殖中的臭氧杀菌饲育用水的处理模式：(臭氧投加量：每立方水投加 1～2 克)，先以 0.1～0.3mg/L 浓度处理 5～10 分钟臭氧发生器生产，再曝气到臭氧浓度 0.003mg/L 以下方可用作饲育水。